加工貿易在庫誤差計算的公式很簡單，【進口-出口*單耗-實際在庫】，等于零就是在庫平衡，大于零就是在庫短少，小于零就是在庫盈余。不過在實際計算中就要復雜得多了。要考慮已經已經報關，尚在途中的進口料件，已經手貨但尚未報關的深加工和集中申報等進口料件，已經離開廠區但未報關成品，已經送貨但未報關的深加工結轉料件等因素。而實際在庫也要考慮，成品，半成品，還未處理的殘次品等數量。
經過上述計算后，得出的結果是大于零，即保稅料件短少。首先要找原因，為什么造成在庫短少，如果日常注重管理，短少的量不多，金額不大，造成短少的原因主要就是由于生產計劃（包括成品構成變化）較為頻繁，手冊/賬冊和實際生產不能達成同步變更而導致的，并針對其中幾個重點料件進行分析舉例。還有正常的盤點誤差，細小零部件丟失等不可避免的客觀因素。一般海關都可以接收解釋，同意短少部分的料件進行內銷補稅。
如果平時疏于管理，短少的量就不會少，原因也分析不出來，即便列舉上述的原因也無法完全解釋。就會因為不明原因產生在庫短少而招致海關的處罰。按程序完成處罰后，才能辦理內銷補稅。
在庫短少多少才算多，多少才算少，還真沒有一個標準。按絕對值來說1萬元以下的在庫短少就算比較小了。按比例來說100ppm以下就算比較小，10ppm以下就算非常小了。（ppm：百萬分之一）
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