無論是海關高級認證標準的要求，或是實際業務的需求，推進進出口活動內審的第一步工作就是建立相應的規章制度。具體應該包括以下的內容，可以根據企業不同的情況增加必要的內容。
一．目的：
對公司進出口活動的貿易合規性進行審查，及時發現問題并進行整改及主動披露。
二．審計對象：
涵蓋公司所有進出口通關業務及加工貿易相關業務。
三．審計時間和頻度：
每年1回（與高級認證內部監查合并實施或高級認證內部監查后實施）。
四．審計部門：
由公司內部審計部門或由法人代表，貿易安全負責人指定專人負責組織審計人員，對公司進出口活動進行審計，審計結果作成審計報告向公司的關務負責人報告。（通關部門不得擔任進出口活動內審業務）
五．審計程序：
① 制定審計日程（審計計劃）和確定審計員。（附件1）
② 制作審計方案，審計提出資料要求，明確審計內容和抽查單據范圍以及各進出口活動崗位的回復時間要求。（附件2)
③ 審計中各進出口活動崗位人員應該積極配合提出資料并進行解釋，不得借故遲延或拒絕提供資料。
④ 對審計中發現的問題，主審人員應提出改進要求，并由各進出口活動崗位人員在指定時間內完成。（附件3和附件4）
⑤ 審計結束后，主審人員應該制作審計報告并向公司法人代表，貿易安全負責人，高級關務負責人員進行報告。（附件4）
⑥ 公司進出口通關負責人應該督促各進出口活動崗位人員按時完成整改。并確認是否有屬于主動披露的案件。
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