進口報關單的運保費是征稅對象，所以也是海關稽查的一個重點。由于運費單據和付款記錄都有據可查，如果運保費申報錯誤，很容易在稽查中出現問題。
由于種種原因，在進口申報時，有可能拿不到運保費數據和相關單據，導致運保費申報錯漏。不能因為沒有數據和單證，就不申報或者少申報運保費，而是要避免出現這種情況。通關部門應該和物流公司事前說明和商議，強調運保費單證是進口報關的必要資料，務必在進口前提供。
拿到運保費單證后，應該確認那些費用是申報對象，只要是在目的港卸貨前發生，又沒有包括在成交價格的運保費都是申報對象。例如，低硫附加費，燃油加注費，油氣罐折舊費，運輸工具租金，滯期費，減載費，引航費，拖輪費等等。
有條件的企業，還要定期核對申報的運保費和實際支付的運保費是否存在差異，如果發現差異，要分析原因并及時處理。
拱北海關在稽查時發現某日化公司在2019年至2022年三年期間，以一般貿易方式向灣仔海關申報進口制革工業用化工材料等商品時，共計有將近一百票貨物漏報運保費，價格申報不實影響國家稅款征收。
同樣是拱北海關，在稽查中發現某外輪代理公司接受某能源有限公司委托，以一般貿易監管方式進口印尼煤，申報運費人民幣77萬元，實際運費77萬美元，低報運費人民幣450萬元，海關依照《中華人民共和國海關行政處罰實施條例》第十七條之規定，處罰17萬元。
江蘇海關對某國際貿易公司進行核查，發現該公司2020年-2021年間以一般貿易方式向海關申報天然橡膠進口，雖然申報成交方式是cif，運費申報為零。但該公司實際上支付了運輸過程中發生的低硫附加費。因此也因為運保費申報不實而被海關處罰。
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