各給惠國為了保護本國工、農業生產，在其普惠制實施方案中，都制定了保護措施。保護措施可分為四大類：
(1)例外條款（或稱免責條款）：當從受惠國優惠進口某項產品的數量增加到對給惠國相同產品或有直接競爭性產品的生產者造成或可能造成嚴重損害時，給惠國保留對該項產品完全取消或部分取消關稅優惠待遇的權利。
(2)預定限額：是給惠國根據本國和受惠國的經濟及貿易情況，預先統一或個別地根據一定比例規定一定時期（一般為1年）內某項產品的優惠進口限額，達到這個限額，將（或可能將）停止或取消給予的關稅優惠待遇。預定限額包括：最高限額、關稅配額、國家最大額度以及固定免稅額度。
(3)競爭需要標準：又稱競爭需要條款，美國采用這種保護措施。其規定是：如果在一個年度內，來自某一受惠國家（或地區）的某項產品優惠進口額，超過競爭需要限額或超過美國該項產品進口總額的50％，則取消下一年度該受惠國(或地區)這項產品的優惠待遇。競爭需要限額每年核定，隨美國國民生產總值的增長逐年略有提高。
(4)“畢業”條款：美國從1981年4月1日起率先采用的一種保護措施。即對一些受惠國家（或地區），或對他們的某些產品，當其在國際市場上顯示出較強的競爭能力時，取消其享受優惠的資格，稱其為“畢業”（graduation）。1988年1月29日，美國政府宣布：從1989年1月1日起，取消新加坡、南朝鮮、臺灣和香港出口至美國的產品享受普惠制待遇的資格，這是美國援用“畢業”條款的典型實例。
歐洲經濟共同體有類似“畢業”條款的說法，稱之謂“區別對待”。
(5)雙重聯合機制：是歐洲聯盟從1995年1月1日起實施的一種新的保護措施，它由二部分組成：一是對優惠幅度的調整；二是與之相配套的緊急保護，即“畢業機制”。
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